废水经一级或二级处理后，水质改善，细菌含量也大幅度减少，但其绝对值仍很可观，并有存在病原菌的可能。因此，废水排入水体前应进行消毒处理。
    目前，用氯化法消毒能产生有害物质，影响人体健康已广为人知，这是因为氯与水中有机物作用，同时有氧化和取代作用，氧化作用可以促使去除有机物，而取代作用则是氯与有机物结合，形成了有致突变或致癌活性的卤化物。美国规定三卤甲烷(THMS)的最大浓度为100μg/L，德国、加拿大、日本也分别规定为25μg/L、350μg/L、100μg/L，我国1985年版《生活饮用水卫生标准》中也规定了氯仿的上限为60μg/L。有鉴于此，废水消毒一是要控制恰当的投剂量，二是采用其他消毒剂代替，如二氧化氯、臭氧、紫外线辐射等，以减少有害物质的生成。 
各种消毒剂的优缺点和适用条件见表1。参考此表，可以初步确定应该使用的消毒剂。
 
                                   表1各种消毒剂的优缺点和适用条件